Ohodnocením, jehož základním cílem je sledovat množství znečištění vypouštěné právním subjektem do vodních toků, ale i přenášené jiným právním subjektům, je především samo množství dané látky vztažené k nějakému časovému období. Toto množství však v řadě případů prakticky nelze měřit přímo. Určuje se proto zprostředkovaně výpočtem z objemu vod a látkové koncentrace. Problematika ohodnocení objemy je diskutována v předchozí podkapitole.
Informace o požadavcích zákona i konkrétní způsob výpočtu množství na základě objemů a látkové koncentrace je podán v kapitole "Základní sledované veličiny" (viz). Zde tedy jen zopakování podstatného:
Vzorky vod se odebírají v lokalitách vzorkování, které leží buď na trase sítě nebo v jejím uzlu. Tyto vzorky se analyzují předepsanými postupy, výsledkem analýz je hodnota látková koncentrace těch látek, pro něž se analýza provádí.
Je-li lokalita vzorkování v uzlu vodohospodářské sítě, vztahuje se současně ke všem trasám sítě, které z uzlu vystupují, není-li na některé trase samotné lokalita vzorkování trasy.
Je-li lokalita vzorkování na trase sítě, vztahuje se k této trase a ve spojení s objemem na trase dovoluje určit, jaké množství dané látky bylo trasou dopraveno do jejího koncového uzlu.
Ze zákona je dáno, kde lokality vzorkování být musí (např. na výtoku odpadní vody z podniku do povrchového toku, případně do kanalizace). Podniky však zajímají i např. přenášené objemy znečištění na jejich území jinými podniky (toto množství znečištění mohou odečíst od vlastních pokut). Stanovují si tedy další lokality vzorkování, které však nemusí být přesně na trase v místě katastrální hranice, dokonce ani ne na "přechodové" trase samotné. Vyvstává pak požadavek určení koncentrace i množství znečištění pokud možno ve všech trasách vodohospodářské sítě.
Pokus o toto stanovení je analogický metodě protlačování, nasávání a vyrovnání uvedené v předchozí podkapitole o operacích nad objemy. Proto uvedeme způsob určení jen heslovitě. Je přitom užito symbolů U pro uzel sítě, T pro trasu sítě, M pro množství látky, m pro látkovou koncentraci stanovenou dle zákona a V pro objem vody jako nosiče znečištění. Určení se dělá postupně pro všechny látky, na něž byly vzorky vod analyzovány. Uvedené symboly se vztahují k jedné konkrétně určované látce.
Nejprve se spočtou množství M pro ty trasy, na nichž přímo leží lokality vzorkování a je tedy látkové znečištění známo přesně: M = m . V (stejně to platí pro trasy, které mají za počáteční uzel s lokalitou vzorkování a přebírají tedy jeho koncentraci).
Poté se znečištění "protlačí" do těch tras sítě, které jsou jako jediné neohodnocené koncentrací vzhledem ke svému počátečnímu uzlu U, přičemž uzel U je takový, ve kterém se nemění kvalita vody. Mějme jednu takovou trasu T. Množství látky dopravené do uzlu U jeho vstupními trasami je rovno Mvst = S mi . Vi pro i probíhající vstupní trasy uzlu U, množství znečištění odvedené výstupními trasami se známým ohodnocením koncentrací (tj. všemi výstupními trasami až na jedinou určovanou T) je analogicky Mvýst = S mi . Vi pro i probíhající výstupní trasy uzlu U kromě T. Množství látky v trase T je pak MT = Mvst - Mvýst. Koncentrace látky na trase je pak mT = M / V.
Následuje pokus o zjištění znečištění "nasátím" z těch tras sítě, které jsou jako jediné neohodnocené koncentrací vzhledem ke svému koncovému uzlu U, přičemž uzel U je takový, ve kterém se nemění kvalita vody. Mějme jednu takovou trasu T. Množství látky dopravené do uzlu U jeho vstupními trasami se známým ohodnocením koncentrací (tj. všemi vstupními trasami až na jedinou určovanou T) je rovno Mvst = S mi . Vi pro i probíhající vstupní trasy uzlu U kromě T, množství znečištění odvedené výstupními trasami je analogicky Mvýst = S mi . Vi pro i probíhající výstupní trasy uzlu U. Množství látky v trase T je pak MT = Mvýst - Mvst. Koncentrace látky na trase je pak mT = M / V.
Kroky 2 a 3 se opakují tak dlouho, pokud je co "protlačovat" a "nasávat".
Odlišný je další krok, kterým ještě není "vyrovnání". Kroky 2 až 4 se opakují analogicky pro ty uzly, z nichž vychází (resp. do nichž vstupuje) několik tras neohodnocených koncentrací. Množství znečištění se proporcionálně rozdělí podle množství objemů na jednotlivých neohodnocených trasách, tj. předpokládá se u nich stejná koncentrace. Protože tento předpoklad podle konzultací s vodohospodáři nemusí být za každé situace korektní, je možno krok 5 neprovádět.
Krok "vyrovnání" je v případě látkového množství nutno nazírat takto: analogicky kroku 2 se spočte množství, které by mělo do trasy vstupovat, analogicky kroku 3 se spočte množství, které by mělo z trasy vystupovat. Jsou-li množství rovná, je určení úspěšné. Nejsou-li rovna, znamená to, že na trase došlo k naředění nebo naopak zahuštění, určení končí neúspěchem, provozovatel obdrží zprávu o všech takových trasách a ve spolupráci s příslušným vodohospodářem učiní patřičné rozhodnutí: buď explicitně určí koncentraci, nebo taková trasa zůstane neohodnocena danou látkou.
Je zřejmé, že ne všechna ohodnocení koncentrací a látkovým množstvím jsou možná. Způsob stanovení resp. nestanovení je pak indikován v příslušné databázi a v informačních výstupech.